La fosse doit être pourvue d’une entrée et d’une sortie d’air. La ventilation primaire est, en général, piquée sur la colonne de chute d’eau des WC et la ventilation secondaire est piquée en sortie de fosse.
Elles sont de 100 mm de diamètre et, sont toutes deux remontées en hauteur et espacées de plus d’un mètre.
La décomposition des matières dans la fosse entraîne un dégagement de méthane et de gaz carbonique malodorant qu’il faut éliminer par une ventilation haute munie d’un extracteur. Elle permet d’éviter la corrosion des ouvrages d’assainissement et les nuisances olfactives.