La qualité des milieux dépend de l’aspect fonctionnel des cours d’eau. Les problèmes constatés sur le bassin de la Coise concernent les points suivants :
L’équilibre géomorphologique de la rivière est garant de sa stabilité et de son bon fonctionnement. Les facteurs limitant ce dynamisme sont liés aux obstacles qui réduisent le transit sédimentaire et créent des déficits en matériaux que la rivière va alors prélever sur ses berges ou dans son lit. Les anciens ouvrages de dérivation construits pour l’exploitation des moulins sont, malgré leur importance patrimoniale, un frein à cet équilibre. Le prélèvement de granulats dans les cours d’eau est également très perturbateur.
La ripisylve a aussi un rôle fondamental. La végétation rivulaire freine les écoulements, assure une bonne tenue des berges et limite ainsi les risques en période de crue. Elle contribue également à l’autoépuration de l’eau.
Une ripisylve de qualité présente des espèces adaptées, en bonne densité, avec toutes les strates (herbacée, arbustive et arborée) mais aussi en bon état sanitaire.
Un cours d’eau de bonne qualité est aussi un milieu attractif pour les populations d’animaux aquatiques. Cette valeur se base sur l’abondance qualitative et quantitative de tous les maillons de la chaine alimentaire.
L’ensablement des milieux, la sévérité des étiages et l’augmentation de la température de l’eau se traduisent par l’augmentation de certaines espèces d’invertébrés et de poissons peu tolérantes (chironomes, sangsues, chevesnes..) au détriment des espèces repères (trichoptères, perles, truite fario et vairon). La meilleure solution est donc de rétablir la qualité des habitats ainsi que la migration piscicole vers les têtes de bassin et d’éviter les facteurs de dégradation et notamment l’impact des anciens ouvrages de dérivation.